防衛医科大学校（ぼうえいいかだいがっこう、英語:National Defense Medical College）は、埼玉県所沢市並木3-2に本部を置く日本の省庁大学校である。1973年に設置された。大学校の略称は防衛医大、防医、NDMC等。
医師である幹部自衛官の養成や、自衛隊の医官（戦前の軍医に相当）の教育訓練を目的に開設された。歯科医師の養成機関はない[1]。行政機関の分類上は防衛省の施設等機関に分類され、文部科学省が所管する大学とは異なるが、医科大学に準じた取扱いがなされている。
大学（校）側が学費を負担する目的別医科大学（校）の一つである。入学した学生は定員外の防衛省職員・自衛隊員（特別職国家公務員）となり、大学校の入学金と授業料は無料で、毎月の学生手当（給与）と年2回の期末手当（2006年時点で月額106,700円。期末手当が年額約380,000円）、および被服が支給される[2]。
卒業後は、医科幹部候補生として陸上・海上・航空の各幹部候補生学校で約6週間の教育訓練を受け、医師国家試験に合格後、幹部自衛官（2等陸・海・空尉）に任官する。2年間の初任実務研修（防衛医科大学校と自衛隊中央病院で臨床研修）を受けるが、大学の医学部で実施されているマッチングは行われていない。その後、自衛隊病院や部隊などで勤務する。
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9年以内に自衛隊を退官する場合は、大学校卒業までの経費（最高5,021万円）を国庫に返還する必要がある。しかし、近年は自衛隊病院にいては臨床経験を積むことが困難（受診者が頑健な自衛官及びその家族に限定されており、様々な症例に接したり、手術等の経験を積むことが困難といわれる）であり、医師としてのスキルアップに不安がある等の理由から、3分の1の者が9年の年限を待たずに退官している[3]。
大学校には、内科、精神科等の15の診療科がある特定機能病院の防衛医科大学校病院、傷病者の診断・治療、救急救命に必要な研究・開発を行う防衛医学研究センター、看護師を養成する高等看護学院が設置されている。
防衛医科大学校は大学と同じように入学試験が行われるが、応募資格には年齢制限があり、入校年度の4月1日時点で18歳以上21歳未満でなければならない。受験料は無料である。
防衛大学校の偏差値が60前後といわれているのに対し、本校は、70前後と非常に高く、年度によっては東京大学理科?類に匹敵、または準ずる難易度といわれ、学生の学力は非常に高い。また全寮制であり、勉強時間も確保できるためか医師国家試験の合格率が非常に高く、全国1位になることもある。（詳細は、下記の年表の欄を参考）入試内容は、第1次試験で「択一式」（国語・数学・英語の3教科に対して試験時間90分）と「記述式」[4]（国語、外国語、理科、数学の各試験時間は60分、100分、120分、100分）が行われ、第2次試験で口述試験と小論文試験及び身体検査[5]が行われる。第1次試験では、択一式で一定の得点に達しない受験者については、記述式の採点を行わない場合がある（平成21年度入校用募集要項）。問題冊子は回収される。詳細は自衛官募集ホームページ[6]を参照のこと。
防衛大学校同様に一次試験は毎年秋ごろに地元で行われるため、毎年他医学部、難関大学を受験する多数の生徒が力試しとして受験する